Konferenciák

2023. november 10.

Letölthető program pdf formátumban

1. szekció - Bioinformatikai algoritmusok

2. szekció - Szerkezeti bioinformatika Elnök: Gáspári Zoltán

A makromolekulák szerkezetének kutatása bonyolult, speciális tudást igénylő feladat. A fehérjék, a DNS és az RNS szerkezetei külön megközelítésekkel vizsgálhatók, és adatbázisaik is specializált tudást igényelnek. A motívumok, fold-típusok analizálása mellett fontos terület a gyógyszerkötőhelyek és nemstruktúrált szakaszok előrejelzése és a dinamikus sokaságok elemzése is. A mesterséges intelligencia módszerei nagy ígéretet jelentenek mind a számításigények csökkentése, mind az előrejelzések pontossága szempontjából – a szekció ezen témák hazai kutatásába fog betekintést nyújtani.

11:45 - 12:05: A hidratáció szerepe a gyógyszertervezésben

    Hetényi Csaba (PTE Farmakológiai és Farmakoterápiai Intézet, PTE Farmakoinformatikai Tanszék)

Részletek

A hidratáció szerepe a gyógyszertervezésben

×

• Kivonat

A hidratáció szerepe a gyógyszertervezésben

A vízmolekulák kulcsszerepet játszanak a legtöbb élettanilag fontos molekuláris kölcsönhatásban, beleértve a gyógyszer-célpont kölcsönhatásokat is. Szerepüket ezért a gyógyszerek tervezése során nem lehet figyelmen kívül hagyni. Ugyanakkor a kísérletes szerkezetmeghatározó eljárások számos korláttal küzdenek a vízmolekulák pozíciójának (a hidrátszerkezet) kimérésében. E korlátok meghaladásában a kutatók egyre nagyobb mértékben támaszkodnak az előadásban ismertetésre kerülő elméleti módszerekre. Bemutatásra kerül, hogy az elméleti úton szolgáltatott pontos vízpozíciók a tervezést mind szerkezeti mind energetikai (termodinamikai) oldalról jelentősen hatékonyabbá teszik.

12:05 - 12:25: SH2db: online fehérjeszerkezeti adatbázis az SH2 doménekre

    Bajusz Dávid (HUN-REN TTK Szerves Kémiai Intézet, Gyógyszerkémiai Kutatócsoport)

Részletek

SH2db: online fehérjeszerkezeti adatbázis az SH2 doménekre

×

• Kivonat

SH2db: online fehérjeszerkezeti adatbázis az SH2 doménekre

Az SH2 domén a foszfotirozin-alapú jelátvitel egyik kulcsfontosságú eleme: egy „olvasó” fehérjemodul, amely a foszfotirozint tartalmazó motívumok felismeréséért felelős. Mivel számos fehérjében előfordul, ezért rendkívül sokoldalúan szól bele a sejten belüli molekuláris szabályozásba és számos esetben az adott jelátviteli útvonalak onkogén mutáció miatt vagy egyéb okból történő meghibásodása esetén ígéretes gyógyszercélpontként tekinthetünk rá. Térbeli szerkezete meglehetősen konzervált, különösen a központi motívumát jelentő, három béta-redőből álló struktúra megbízhatóan egymásra illeszthető az emberi szervezet 120 különféle SH2 doménje esetén is. Az idén elkészült az SH2 domén szerkezetek gyors kereshetőségét, egymásra illesztését, illetve különféle modellező, gyógyszertervező feladatok előkészítését hivatott elősegíteni a terület kutatói számára. Ehhez egy célzott adatbázis-struktúrát, térbeli illesztést, illetve generikus aminosav-számozási rendszert dolgoztunk ki, amelyek segítségével honlapunkon néhány kattintás segítségével érhetünk el releváns fehérjeszerkezeteket, vagy informatív összehasonlító ábrákat, munkameneteket.

12:25 - 12:40: Fehérjék másodlagos szerkezetének jóslása – a szürke zóna

    Lukács András (ELTE TTK Matematikai Intézet, Mesterséges Intelligencia Kutatócsoport)

Részletek

Fehérjék másodlagos szerkezetének jóslása – a szürke zóna

×

• Kivonat

Fehérjék másodlagos szerkezetének jóslása – a szürke zóna

A legjobb módszerek másodlagos fehérje szerkezet megjóslására homológiákra épülnek. Amikor nem állnak rendelkezésünkre homológiák akkor fontossá válnak csak a vizsgált fehérje szekvenciájából következtető megoldások. Egy ilyen, LSTM neurális hálókra és semi-supervised tanításra építő modellt, Moffat és Jones (2021) S4PRED módszerét vizsgáltuk mély tanulási szempontból. Az a tapasztalat, hogy lecserélve az LSTM architektúrát 1D konvolúcióra és a tanítási paramétereket variálva az eredeti módszerhez hasonló teljesítményt lehet elérni, arra mutat, hogy közel járunk a tanítás során felhasznált adathalmazok kihasználásában.

12:40 - 13:20: Szünet

    

3. szekcio - Rendszerbiológia

4. szekció - Orvosi bioinformatika