Konferenciák

2020. november 25.

Letölthető program pdf formátumban

1. szekció

2. szekció - Fiatal Kutatók előadásai Elnök: Ari Eszter

10:30 - 10:45: A makrofágokat meghatározó transzkripciós faktorok együttműködésének vizsgálata

    Nagy Gergely (Debreceni Egyetem Általános Orvosi Kar, Biokémiai és Molekuláris biológiai Intézet)

Részletek

A makrofágokat meghatározó transzkripciós faktorok együttműködésének vizsgálata

×

• Kivonat

A makrofágok nemcsak az immunrendszer szöveti mintavételében vesznek részt, hanem környezetüktől függően sok egyéb feladatot is képesek ellátni. Morfológiai és működésbeli képlékenységüket alapvetően néhány tíz transzkripciós faktor (TF) teszi lehetővé, melyek egy része megtalálható minden makrofágban, a továbbiak pedig a szövetspecifikus sejtműködést biztosítják. Munkacsoportunk legfőbb modellje az egér csontvelői makrofág, melyből közel 30 TF kötőhelyeinek összessége (cisztrómja) ismert. A vizsgált TF-ok fele több tízezer kötőhellyel rendelkezik, és nemcsak a makrofágokból jól ismert PU.1/IRF8, RUNX1, C/EBP és AP-1, hanem egyéb ETS és leucin cipzár (bZIP) fehérjék is jelentős méretű cisztrómmal rendelkeznek – ezek jelentősége azonban kevéssé ismert makrofágokban.

Mivel a bZIP családokból 8 cisztróm is elérhető, elemzéseinket e TF-ok kötőhelyeinek a vizsgálatával kezdtük. Az AP-1 (FOS/JUN) heterodimerek a TPA válaszadó elem (TRE), míg az egyéb JUN dimerek a cAMP válaszadó elem (CRE) motívumfeldúsulásait eredményezték. Ez összhangban van az évtizedes tapasztalatokkal, ám az NFE2L2 cisztrómjában nem várt motívumokat is kaptuk. Az NFE2 és BACH fehérjék döntően a kis MAF-okkal alkotnak heterodimert és MAF válaszadó elemeket (MARE-ket) kötve ellentétes (serkentő, ill. gátló) hatást fejtenek ki a génexpresszióra. Eredményeink arra utalnak, hogy az NFE2L2 nemcsak a MAF fehérjékkel képes heterodimert alkotni, hanem valamelyik AP-1/CREB/ATF partnerrel CRE elemeket is köt.

10:45 - 11:00: Abnormális transzkripciós mintázatok vizsgálata nagy mennyiségű RNS-szekvenálási adat segítségével mielodiszplasztikus szindrómában

    Dankó Benedek (Eötvös Loránd Tudományegyetem, Természettudományi Kar)

Részletek

Abnormális transzkripciós mintázatok vizsgálata nagy mennyiségű RNS-szekvenálási adat segítségével mielodiszplasztikus szindrómában

×

• Kivonat

A mielodiszplasztikus szindróma (MDS) egy vérképzőszervi rákos megbetegedés, mely során a CD34+ sejtfelszíni antigénekkel rendelkező hematopoietikus őssejtek nem differenciálódnak érett vérsejtekké, így nem képesek ellátni végső feladataikat sem. A megbetegedésre jellemzőek a splicing faktorokban kialakult mutációk. Ezek közé tartoznak az SF3B1, SRSF2, U2AF1, illetve ZRSR2 géneket érintő, heterozigóta formában jelen lévő, egymást többnyire kizáró mutációk. Annak ellenére, hogy az MDS-re jellemző mutációk számos formája ismert és pontosan meghatározott, jelenleg nem teljes a tudásunk azt illetően, hogy a splicing faktorokban létrejött mutációk milyen útvonalon keresztül vezetnek a rákos sejtek megjelenéséhez. Emellett az sem egyértelmű, hogy pontosan milyen gének hibás splicing-ja vezet a tumor kialakulásához. Számos eredmény utal arra, hogy az MDS egy rendkívül heterogén kór, így igen nehéz általános molekuláris markerekkel jellemezni e betegséget. Kutatásom célja adott génen belüli RNS izoforma változások (“isoform switch”) kimutatása MDS-ben, mely alapján a betegség elkülöníthető az egészséges mintáktól, illetve a kór altípusokba sorolása e relatív izoforma változások alapján. Az izoforma változások detektálása révén lehetőség nyílhat a betegség pontosabb, objektív kategorizálására, mely alapot szolgálhat klinikumban is alkalmazható módszerek kidolgozásához. Végül szeretném hangsúlyozni, hogy a klinikumban is egyre gyakrabban alkalmazott, RNS szekvenálásra épülő izoforma szintű génexpressziós elemzés erősen függ az alkalmazott bioinformatikai módszerektől, ahogy ez kutatásom során is igazolódott.

11:00 - 11:15: Betegséget okozó mutációk hatásának vizsgálata a coiled-coil szerkezetekre

    Kálmán Zsófia (Pázmány Péter Katolikus Egyetem, Információs Technológiai és Bionikai Kar)

Részletek

Betegséget okozó mutációk hatásának vizsgálata a coiled-coil szerkezetekre

×

• Kivonat
• Videó

Az elmúlt évtizedekben az újgenerációs szekvenálás segítségével felgyorsult a különböző szekvenciavarációk azonosításának folyamata - beleértve a betegséget okozó csíravonalbeli mutációkat. A szekvenciavariációk különböző térszerkezeti elemekre gyakorolt hatásait már több esetben részletesen vizsgálták, azonban coiled-coil motívumokkal összefüggésben részletes szerkezeti analízis még nem valósult meg. A coiled-coil motívumok jellemzően hét aminosavat tartalmazó tandem repeatből kialakult szuprahelikális szerkezetek, ahol a hélixek különböző oligomerizációs állapotokba rendeződhetnek. A coiled-coil szakaszok polipeptid láncok és a sejten belüli struktúrák összetartásában játszanak szerepet. Vizsgálataink során megállapítottuk, hogy a coiled-coil tartalmú fehérjék mutációi gyakoriak a központi idegrendszert érintő betegségekben. Emellett kimutattuk, hogy a coiled-coil régióra eső mutációk jellemzően kisebb mértékben destabilizálóak, mint a nem coiled-coil régióra esők. Eredményeink alapján a coiled-coil szakaszok N-terminális régiói kiemelt jelentőséggel bírnak a coiled-coil-ok kialakulásában, feltehetően a kotranszlácionális feltekeredés jelenségével összefüggésben.

11:15 - 11:30: Rheumatoid arthritis betegség automatikus, ízület alapú pontozása röntgen felvételek alapján

    Olar Alex (Eötvös Loránd Tudományegyetem, Komplex Rendszerek Fizikája Tanszék)

Részletek

Rheumatoid arthritis betegség automatikus, ízület alapú pontozása röntgen felvételek alapján

×

• Kivonat

A rheumatoid arthritis egy immunbetegség amely során az ízületek elkopnak és az ízületek közötti rés szűkül, a betegség alapvetően fájdalmas és gyógyíthatatlan, de az életkörülmények nagyban javíthatóak, ha időben diagnosztizálják és kezelik azt. Az automatizáláshoz használt adat halmazt az RA2 DREAM Challange keretében bocsátották rendelkezésünkre. A feladat során a Shard van der Heijde (SvH) pontozás szerint ízületenként kellett eróziót és szűkületet megállapítani. Az utóbbi módszer pontos képet ad a páciens ízületinek állapotáról, de a klinikumban nem használják, mivel túlságosan időigényes és ezáltal drága is. A módszerünk egy kétlépcsős automatizálása folyamat, amelynek első szakaszában lokalizáljuk a kéz- és lábfeji ízületeket, majd ezeket a második szakaszban pontozzuk. Több száz résztvevő közül a módszerünk az alversenyeken két III. és egy II. helyezést ért el, jelenleg a többi dobogós csapattal és a verseny szervezőivel a publikációkat készítjük elő.

11:30 - 11:45: A standard genetikai kód és kodonmintázatok viszonyának elemzése környezeti adatok fényében: mezofil optimalitás és mutációs trendek

    Radványi Ádám (Eötvös Loránd Tudományegyetem, Növényrendszertani, Ökológiai és Elméleti Biológiai Tanszék)

Részletek

A standard genetikai kód és kodonmintázatok viszonyának elemzése környezeti adatok fényében: mezofil optimalitás és mutációs trendek

×

• Kivonat
• Videó

A genetikai kód evolúciója és mikéntje máig megoldatlan rejtvény, ugyanakkor kulcseleme is a ma ismeretes Élet eredetének megfejtésében. Noha a standard kodonszótárat sokan „optimálisnak” tekintik a mutációs robusztusságot tekintve, a bioszférában megfigyelhető variabilitás e célú elemzése eddig kevésbé volt hangsúlyos.

Kutatásunk során az információelméletből kölcsönzött „torzítás” fogalmát definiáljuk fehérjékre. Keretrendszerünkben a különböző torzítási mérőszámok az aminosavak fizikokémiai tulajdonságai alapján teszik mérhetővé a nem-szinonim pontmutációk várt hatását, mely elsősorban a kodonok eloszlásától függ. A manapság elérhető filogenetikai-, proteom-, és optimális környezeti adatok elemzésével annak jártunk utána, hogy miként viselkedhet standard genetikai kód modellje adott külső (hőmérséklet, sókoncentráció, pH) és belső (kódoló régió GC-aránya, funkció) környezethez adaptálódott organizmusokban. Fő kérdésünk: milyen fizikokémiai következményei lehetnek egy-egy pontmutációnak az adott környezetre jellemző kodoneloszlás esetén, és mire következtethetünk ebből a genetikai kód eredetére vonatkozóan?

Eredményeink alapján rámutatunk, hogy az extremofilek többségére jellemző kodonhasználat alacsonyabb megbízhatóságot eredményez, azaz az egyes mutációk várható hatása jóval súlyosabb, mint a mezofil organizmusokban. Ez nem csak arra engedhet következtetni, hogy a genetikai kód valamilyen szempontból mezofil környezetekre optimalizált, de további magyarázatot szolgáltathat az általánosan megfigyelhető mutációs trendekre.

11:45 - 12:00: Rákbetegségekben mutálódott rendezetlen régiók evolúciós vizsgálata

    Pajkos Mátyás (Eötvös Loránd Tudományegyetem, Biokémiai Intézet)

Részletek

Rákbetegségekben mutálódott rendezetlen régiók evolúciós vizsgálata

×

• Kivonat
• Videó

A rákos megbetegedések során megfigyelt mutációk sok esetben egy-egy jól meghatározható feldúsulást mutatnak bizonyos fehérjékben. Ezek a feldúsulások legtöbbször valamilyen funkcionális modul, általában szabályozó régió jelenlétére utalnak. Ezek a megfigyelések nem korlátozódnak csak a globuláris doménekre, ugyanis a mutációs dúsulások rendezetlen régiókat is érinthetnek. Jelen munka során rákos megbetegedések kialakulásában közvetlenül érintett rendezetlen régiók evolúciós vizsgálatát végeztük el. A rendezetlen régiókra általánosságban igaz, hogy a globuláris elemekhez képest kisebb mértékű szekvenciális konzerváltságot mutatnak és evolúciós eredetüket tekintve fiatalabbnak mondhatóak. Azonban eredményeink rákbetegségekben mutálodó fehérje régiók egy érdekes és nem várt evolúciós történetét tárták fel. Az általános trenddel szemben, a vizsgált régiók többsége ősi evolúciós eredettel jellemezhető, és visszavezethető egészen a többsejtűség kialakulásáig, számos esetben pedig még azon is túl. Habár megjelenésüket követően viszonylag gyorsan rögzülnek, evolúciójuk folytonos, mely során újabb, régión belüli szabályozó elemekkel egészülhetnek ki. A bemutatott munka eredményei nem csak fontos szabályozó elemek megjelenéséről adnak pontosabb képet, de egyben rávilágítanak arra, hogy a gének evolúciós eredetének feltérképezéséhez elengedhetetlen a fehérje modularitás figyelembe vétele.

12:00 - 12:15: Onkogenetikai elemzések magyar mintákra

    Udvarnoki Zoltán (Eötvös Loránd Tudományegyetem, Komplex Rendszerek Fizikája Tanszék.)

Részletek

Onkogenetikai elemzések magyar mintákra

×

• Kivonat
• Videó

A daganatos megbetegedések okozta halálozás tekintetében Magyarország sajnos vezető helyet foglal el Európában. Különösen szomorú, hogy a fiatalkori daganatos betegségek előfordulása is kimagasló, ami felveti a lehetőségét annak, hogy a magyar populáció a daganatok kialakulására specifikus genetikai eltéréseket hordoz. A Magyar Onkogenom és Személyre Szabott Diagnosztika és Terápia Program célja a leggyakoribb hazai daganatok genomikai elemzése és a magyar populációra jellemző onkogenetikai sajátosságok azonosítása, és ehhez kapcsolódóan a hatékony kezeléshez szükséges biomarkerek, terápiás célpontok meghatározása. Az ELTE Komplex Rendszerek Fizikája Tanszékén a program során gyűjtött és új-generációs DNS-szekvenálási eljárások segítségével szekvenált daganatos minták bioinformatikai feldolgozását, elemzését és közzétételét végezzük. Ennek keretén belül a nyers readek illesztését, majd a szomatikus és csíravonal mutációk meghatározását, annotálását, illetve a tanulmány céljához igazodó egyedi elemzéseket is elvégezzük. Az elemzések elvégzése mellett az adatok közzététele is lényeges feladat, egyrészt a kollaborációban résztvevő partnerek számára, másrészt a nagyobb tudományos közösség részére is. Előadásomban az adatfeldolgozás lépéseit, illetve az adatmegosztásra használt portált szeretném röviden bemutatni.

12:15 - 12:30: A levegő-metagenomika szerepe a kórokozók monitorozásában

    Becsei Ágnes (Eötvös Loránd Tudományegyetem, Komplex Rendszerek Fizikája Tanszék)

Részletek

A levegő-metagenomika szerepe a kórokozók monitorozásában

×

• Kivonat
• Videó

A kiemelt közegészségügyi kockázatot jelentő kórokozók és az antibiotikumrezisztencia-gének környezeti monitorozása kulcsfontosságú lehet a jövőben. A levegőben számos kórokozó és antibiotikumrezisztencia-géneket hordozó baktérium jelen lehet, ennek ellenére a levegő-metagenomika jelenleg még kevésbé alkalmazott megközelítés. Célunk a megfelelő levegő mintavételi eljárás megtalálása mellett annak tanulmányozása, hogy a levegő minták metagenomikai elemzése alkalmas lehet-e egyes patogének ill. az antibiotikumrezisztencia- gének jelenlétének környezeti monitorozására.

A levegő mintákat Budapesten, a Szent László kórház bejáratához közel gyűjtöttük Harvard impaktor készülékkel 3x5 napon keresztül. A mintákból izolált DNS szekvenciák leolvasása Ion Torrent szekvenátorral történt. A metagenomikai elemzés során a minták taxonómiai összetételét és az antibiotikumrezisztencia-gének előfordulását vizsgáltuk.

Eredményeink szerint a három minta baktérium- és antibiotikumrezisztencia-gén összetétele eltért egymástól. A domináns genusok a Bacillus, az Acinetobacter, a Leclercia és a Paenibacillus voltak. Az antibiotikumrezisztencia-gén találatok közül a vanRA, a Bla1, a mphL, a pulvomycin-rezisztenciáért felelős E. coli EF-Tu mutáns, az OXA-665, a Bcl, a FosB és a mphM voltak kiemelkedőek.

Eddigi eredményeink figyelemre méltóak, de a levegő-metagenomika fertőző betegségek monitorozásban betöltött potenciális szerepe még további vizsgálataink tárgya.

12:30 - 13:00: Szünet

    

3. szekcio - Fiatal Kutatók előadásai

4. szekció