A Korcsmáros-csoport az elmúlt években több jelátviteli hálózati adatbázist és bioinformatikai eszközt fejlesztett gazda-mikróba kapcsolatok elemzésére (például a SignaLink és az OmniPath). A csoport eredeti fő kutatási témája, hogy gyulladásos bélbetegségekben hogyan hatnak kommenzális és probiotikus baktériumok a különböző bélsejt- és immunsejt-típusokra, és hogy a betegek genetikai háttere hogyan befolyásolhatja ezt a kapcsolatot.
Az idei pandémia ráirányította a csoport figyelmét arra, hogy a felhasználja és továbbfejlessze ezeket a számítógépes forrásokat és megközelítéseket a COVID-19 kutatás támogatására. Négy kutatási munka készült el a mai napig.
- A ViralLink eszköz, amely egy könnyen telepíthető és futtatható integratív munkafolyamat, amelynek segítségével megvizsgálható sejtspecifikusan, hogy az egyes virális fehérjék vagy RNSek milyen módon hatnak a megfertőződött sejtre.
- A CytokineLink adatbázis, amely egy kézzel gyűjtött és integrált adatokat is tartalmazó hiánypótló forrás a citokin molekulák által történő sejt-sejt kapcsolatok vizsgálatára. Ezek különösen fontosak a gyulladási és fertőzési folyamatok pontosabb megértésére, például a legtöbb COVID-19-hez köthető halálesetet okozó citokinvihar modellezésére.
- Egy összehasonlító vizsgálat során kimutattuk, hogy a SARS-CoV-2 által generált citokinválasz egyes elemei a korábbi koronavírusokhoz, míg más elemei korábbi influenza-vírusokhoz hasonlóak. Az azonosított hasonlóságok segíthetnek hatékony gyógyszerek azonosításához a citokinvihar megelőzésére.
- Egy integratív vizsgálat, hogy a bélben hogyan zajlik a SARS-CoV-2 fertőzés, és megtámadott epitéliális sejtekről milyen információ terjed milyen immunsejtek felé, és ez a gyulladási jelsor hogyan erősíti a megfertőződött tüdőből érkező gyulladási hullámot.