A fehérje-fehérje kölcsönhatások egy jelentős része a fehérjék rendezetlen részein található lineáris motívumok és hozzájuk specifikusan kapcsolódó globuláris domének között jön létre. Bár a lineáris motívumok által közvetített kölcsönhatások nagyon fontos szerepet játszanak számos biológiai folyamatban, az ilyen típusú kölcsönhatások nagy része még feltárásra vár. Egy speciális lineáris motívum kötő fehérje az LC8, ami egy erősen konzervált, kis intracelluláris homodimer fehérje. Eredetileg a dinein motor komplex egyik könnyű láncát írták le, aminek a szállítmányok közvetítésében van szerepe. Azonban több mint ötven ismert, nagyon különböző folyamatokban részt vevő kötőpartnere arra utal, hogy az LC8 dineintől független funkcióval is rendelkezik. Jelenleg az LC8-ra mint egy általános eukarióta csomóponti fehérjére tekintenek, amelynek fő feladata különböző fehérjék oligomerizációjának elősegítése.
A munkánk során az LC8 kölcsönhatási hálózatát vizsgáltuk bioinformatikai módszerekkel. Ehhez összegyűjtöttünk ismert LC8 kötő partnereket, irodalmi adatok illetve fehérje kölcsönhatási adatbázisok felhasználásával. A kötőrégiók szekvenciái alapján létrehoztunk egy pozíció specifikus pontozó mátrixot, illetve meghatároztuk az ismert partnerekre jellemző szekvenciális tulajdonságokat. Ezek alapján kidolgoztunk egy szűrési kritérium rendszert, amelynek révén további potenciális LC8 kötőpartnert azonosítottunk a humán proteomban. A lehetséges partnerek azonosításában rendkívül hasznosnak bizonyult egy általunk kidolgozott új szekvencia összehasonlító eljárás, amely lehetővé tette a motívumok evolúciós történetének pontosabb feltárását. A kidolgozott bioinformatikai eljárással új motívum osztályokat, ismert partnereken belül új kötőrégiókat, illetve további partnereket azonosítottunk. A meghatározott kötőpartnerek egy kis részét kísérletes vizsgálatoknak vetettük alá, amellyel igazoltuk, hogy a módszer
valóban képes új kötőpartnereket azonosítani.
Vizsgálataink nemcsak az LC8 fehérje kölcsönhatási hálózatának illetve sejten belül funkciójának jobb megértését segíthetik elő, hanem alkalmazhatóak egyéb lineáris motívum kötő domének esetén is.