Conferences

2019. november 15.

Letölthető program pdf formátumban

1. szekció

2. szekció Elnök: Patthy László

12:50 - 13:15: Összetett mutagenikus folyamatok biológiai hátterének feltárása kísérletes és tumor- szekvenálási adatok elemzésével

    Szüts Dávid (Természettudományi Kutatóközpont, Enzimológiai Intézet)

Részletek

Összetett mutagenikus folyamatok biológiai hátterének feltárása kísérletes és tumor- szekvenálási adatok elemzésével

×

• Kivonat

Összetett mutagenikus folyamatok biológiai hátterének feltárása kísérletes és tumor- szekvenálási adatok elemzésével

A szomatikus genomi mutációk keletkezésének megértéséhez fontos adathalmazt szolgáltat nagy mennyiségű tumormintának az utóbbi években elvégzett teljes genom- vagy exomszekvenálása. A detektált mutációk matematikailag származtatott mintázatokba (‘COSMIC signature’) sorolhatók, melyek mögött különböző mutagenikus biológiai folyamatok állhatnak: főként DNS-károsító környezeti hatások vagy a DNS-javító folyamatok működési zavarai. A mutációs mintázatok és a DNS-hibajavítás kapcsolatainak bizonyítására teljes genomszekvenálást végeztünk izogenikus vadtípusú és génkiütött sejtvonalakon. Bizonyítottuk, hogy a homológ rekombináció hiányát pontosan mutatja az egyik tumorokból definiált bázisszubsztitúciós mintázat (signature 3). A hibás bázispárosodást javító mismatch repair hiányában is egységes mutációs spektrumot észleltünk kísérletileg, bár tumorszekvenciákban a mismatch repair hiányához 6-7 mintázatot is társítottak. Ezen ellentmondás feloldásához újraelemeztük a mismatch repair hiányos tumorgenom, tumorexom és sejttenyészetes szekvenálási adatokat, és nemnegatív mátrix faktorizáció segítségével megmutattuk, hogy két új mutációs mintázat keveréke minden esetben jól magyarázza a megfigyeléseket. A két mintázat eltérő aránya részben az exom és a genom eltérő báziseloszlásának következménye, de a talált mintázatok valószínűleg két különböző, hibás bázispárosodást okozó biológiai mechanizmushoz köthetők.

13:15 - 13:40: A metabolom evolúciója élesztőkben

    Papp Balázs (Szegedi Biológiai Központ, Biokémiai Intézet, Szintetikus és rendszerbiológiai Egység)

Részletek

A metabolom evolúciója élesztőkben

×

• Kivonat

A metabolom evolúciója élesztőkben

A központi anyagcserehálózat funkciója és szerkezete az egész élővilágban erősen konzervált. De vajon az anyagcsere működésének kvantitatív részletei, pl. a metabolitok koncentrációi is nagy hasonlóságot mutatnak a fajok között? A metabolomikai technikák gyors fejlődésével lehetőség nyílt a metabolitkoncentrációk (metabolom) rendszerszintű meghatározására és így az anyagcsere evolúcióját új nézőpontból vizsgálhatjuk. Jelen munkában közelrokon élesztőfaj 26 populációjának metabolomját hasonlítottuk össze filogenetikai módszerekkel. A metabolitkoncentrációk nagy különbségeket mutattak még közel rokon populációk között is, különösen a Saccharomyces fajon belül, ahol egyes populációk az emberi környezethez alkalmazkodtak (domesztikáltak). Több metabolitot is azonosítottunk amelyek hasonló módon változtak a különféle domesztikált élesztőkben, ami parallel evolúciót jelez. Végül kimutattuk, hogy a Saccharomyces populációk közti metabolomikai változás mértéke összefügg a génkészleteikben tapasztalt különbségek mértékével, ami az anyagcsere és a genomi evolúció újfajta kapcsolatára utal. Munkánk rávilágít az anyagcsere eddig nem vizsgált filogenetikai diverzitására és új információval szolgál iparilag fontos mikrobák anyagcseréjének hasonlóságaiba.

13:40 - 14:05: Metagenomikai vizsgálatok

    Solymosi Norbert (Állatorvostudományi Egyetem, Bioinformatikai Központ)

Részletek

Metagenomikai vizsgálatok

×

• Kivonat

Metagenomikai vizsgálatok

A környezeti, illetve szöveti minták mikrobiótájának vizsgálati lehetőségeit jelentősen javítják az újgenerációs szekvenálásra támaszkodó metagenomikai vizsgálatok, ezekből hármat mutatok be előadásomban. Kutatásaink során különböző állatfajok környezetéből, illetve szervezetéből származó minták metagenomikai elemzésével, mikrobiom-profilok összehasonlítása mellett, ismerten jelenlévő vagy újonnan megjelenő kórokozók azonosítását célozzuk meg. Egyik ilyen vizsgálatunk mézelő méhek bél-mikrobiomjának klimatikus környezettől és szezonális hatásoktól való függésére irányult: így nem csak a profilváltozást tudtuk megfigyelni, de az Apis mellifera filamentous vírus csaknem teljes genomját is azonosítottuk. Az antibiotikum-rezisztencia mind a humán-, mind az állategészségügyben napjaink egyik legnagyobb kihívása. A rezisztencia-gének átjutása kórokozó baktériumokba - horizontális géntranszfer útján - ronthatja az antibakteriális kezelések hatékonyságát. Hazai piacokon kapható nyerstej-rezisztómok vizsgálatában azt találtuk, hogy egyes rezisztencia-gének teljes hosszban jelen vannak. Ráadásul némelyiküket mobilis genetikai elemként azonosítottuk. A metagenomikában alkalmazott taxon-klasszifikációs eljárások kapcsán - mint módszertani kutatásunk során kiderült - számos hibás besorolási okot mutattak be a szakirodalomban. Emellett a fehérje- és nukleotid-adatbázisok klasszifikációs hatásának olykor jelentős következményeire eddig kisebb figyelem irányult. Vizsgálataink eredményei azt jelzik, hogy a fehérje-adatbázisok alkalmazása különös gondosságot igényel a kutatóktól.

Sebestyén Endre - 14:05: A splicing dereguláció vizsgálata információelméleti módszerekkel

    14:30 (Semmelweis Egyetem, I. sz. Patológiai és Kísérleti Rákkutat Intézet)

Részletek

A splicing dereguláció vizsgálata információelméleti módszerekkel

×

• Kivonat

A splicing dereguláció vizsgálata információelméleti módszerekkel

A humán gének döntő többsége egynél több RNS splice variánst képes kifejezni adott genomi lókuszról az alternatív splicing folyamán. Az alternatív splicing folyamata a transzkripcióhoz hasonlóan igen pontosan szabályozott folyamat, amelyért elsősorban a RNS kötő splicing faktor fehérjék felelősek. Ennek során a végleges érett RNS különféle exon kombinációkat tartalmazhat, befolyásolva az RNS stabilitását, a transzlációt és a végleges aminosav sorrendet. Az alternatív splicing vizsgálata során általában azt vizsgáljuk, hogy az adott sejtre, szövetre, genotípusra jellemző splicing mintázat hogyan változik különböző kezelések vagy mutációk hatására. Emellett azonban lehetőség van arra is, hogy a splicing de-regulációját vizsgáljuk, amelynek során a splicing variánsok egymáshoz való aránya véletlenszerűbb lesz különféle mintacsoportok között. Ezt a jelenséget splicing zajnak is nevezzük. Munkánk során az információelméletből ismert Shannon entrópiát felhasználva új mérőszámot fejlesztettünk a splicing véletlenszerűségének karakterizálására. Vizsgáltuk az splicing entrópia reprodukálhatóságát különféle transzkriptom annotációk alapján. A mérőszámot teszteltük normál és splicing faktor mutáns daganatos mintákban is. Feltételezésünk szerint e daganatos mintákban a splicing de-regulációja legalább olyan jelentős, ha nem jelentősebb, mint a domináns splicing variánsok mintázatának konzisztens megváltozása. A fejlesztett módszert open source R/Bioconductor csomag formájában tervezzük publikálni.

14:30 - 14:50: Kávészünet

    

Fiatal Kutatók előadásai