A Bioinformatika 2024 konferenciára itt tud jelentkezni.
Letölthető program pdf formátumban
Helyszín: Természettudományi Kutatóközpont, 1117 Budapest Magyar Tudósok krt 2. Földszint nagyteremA cirkuláris RNS-ek (circRNS) olyan nem kódoló RNS-ek, amelyek kovalensen körré zárulnak. Általában protein kódoló génekből alakulnak ki a splicing során és főleg exonokat tartalmaznak. Vannak emellett itront is tartalmazó, de kizárólag intront tartalmazó variációk is. Ma már ismert, hogy ezek a molekulák fontos és széleskörű szabályozó szereppel rendelkeznek, akár miRNS sponge-ként, akár cisz-regulátorokként, vagy az epigenetikai mintázat kialakításában. Ismertek fehérjét kódoló circRNS-ek is, bár ezek ritkák.
Úgy véljük hogy, hogy emellett más típusú circRNS-ek is létezhetnek, melyek működési mechanizmusa még nem felderített.
Célul tűztük ki a circRNS-ek nyúlban való általános feltérképezését, amelyhez elsősorban bioinformatikai módszereket alkalmazunk. Publikus, a hosszú nem kódoló RNS-eket tartalmazó (rRNS depléciós) szekvenálási adatokból kiindulva derítjük fel 9 szövettípusban és 7 házinyúl fajtában az azokban megtalálható circRNS-eket. Ezt követően célunk ezen RNS-ek kategorizálása. A rendelkezésre álló, publikált pipeline-ok mellett saját keresési módszert is tervezünk fejleszteni ami a priori módszerrel keres cirkuláris RNS-eket.
Ma már léteznek az eddig felderített circRNS-eket tartalmazó adatbázisok is. A nyúl, annak ellenére, hogy elterjedten alkalmazott állatmodell humán betegségekben, nem szerepel ezekben. Az általunk felderített circRNS-eket tervezzük összevetni az adatbázisokban más fajokról megtalálható adatokkal, evolúciósan konzervált és nyúl specifikus változatok keresése céljából.
A makrofágokat meghatározó transzkripciós faktorok (TF-ok) közül a purinban gazdag nukleinsavakat kötő, ún. PU.1 fehérjék találhatóak meg a legtöbb gén szabályozó helyein, beleértve a promótereket és enhanszereket is. A PU.1 az eritroblaszt transzformáció-specifikus (ETS) fehérje szupercsaládba tartozik, és egér csontvelői makrofágokban az interferon szabályozó faktor (IRF) 8-cal működik szorosan együtt – akár közös, ún. kompozit elemeken. A PU.1 mellett egyéb ETS fehérjék is kifejeződnek ezekben a sejtekben, melyek közül három fehérjecsalád képviselőjének is nyilvánosan elérhető a cisztrómja (azaz a kötőhelyeik összessége). Ha e cisztrómokban motívumkeresést végzünk, minden alkalommal megtaláljuk az ETS fehérjékre jellemző 5’-GGAA-3’ központi szekvenciát, ám ezek szomszédos bázispárjai már közel sem ilyen egyhangúak – mutatnak egyezéseket és specifikus jellegeket is, melyek elkülönítése további elemzéseket igényel.
Munkám során klasztereztem az ETS és IRF8 kötőhelyeket a különböző TF-ok általi lefedettség (ChIP-seq) alapján, és az így elkülönített, egy vagy néhány TF által dominált klaszterekben vizsgáltam az egyes szekvenciák feldúsulását. Az elemzések során az 5’ metilálható (és promóter-specifikus) szekvenciák jól elkülönültek az „A/G” és „CA” kezdetű szekvenciáktól, melyeket rendre a GABP/ELF/FLI, a PU.1 és az ELF/FLI/PU.1 fehérjék kötnek a legnagyobb affinitással. Emellett tisztázható volt, hogy a PU.1 és IRF8 csak egyféle hatékony kompozit elemmel (EICE) rendelkezik.
Az ARHGAP25 elnevezésű, Rac-specifikus GTPáz aktiváló fehérje egyre nagyobb hangsúlyt kap sejtélettani szempontból. Fontossága az elmúlt években előtérbe került, ugyanis folyamatosan jelennek meg olyan kutatási eredmények, amelyben az ARHGAP25 expressziójának változása különböző tumorsejtekben kihat ezen sejtek migrációs képességére. Mivel ez a fehérje ilyen sokrétű folyamatokban lényeges szerepet tölt be, felmerül a lehetősége, hogy gyógyszercélponttá váljon, viszont ehhez szükséges pontosan megismerünk működésének részleteit.
Célkitűzés: Az ARHGAP25 partnerfehérjéinek proteomikai analízise humán neutrofil granulocitákban immunoprecipitáció segítségével.
Módszerek: Perifériás vérből nyert neutrofil granulocitákból az immunoprecipitáció elvégzése poliklonális anti-ARHGAP25 antitesttel bevont protein A gyöngyökkel történt. A mintákat tömegspektrometria segítségével analizáltuk. A nyers adatok összehasonlításához a MaxQuant program Label Free Quantification (LFQ) módszerét alkalmaztuk.
Eredmények: Számos fehérjét sikerült azonosítani, ebből 21 darabot detektáltunk minden mintánkban megfelelő “Fold Change” érték felett. A kapott fehérjék között találunk kis G-fehérjéket, illetve az aktin reorganizáció és a membrántranszport folyamatának résztvevőit. A Rac fehérjét, mely az eddig ismert interakciós partnere az ARHGAP25-nek, minden mérés során detektáltuk.
Konklúzió: A kapott fehérjék nagy hányada beleillik az ARHGAP25ről eddig alkotott képbe, de eredményeink több olyan fehérjét is felfedtek, amelyet eddig nem valószínűsített potenciális partnerfehérjék.
Támogatás: A projekt a Bolyai János Kutatási Ösztöndíj és az NKFIH FK128376 támogatásával készült.